La Réforme connaît un certain succès à Pignan. Dès 1560 (ou 1561), le village a son église réformée soutenue par les seigneurs qui sont devenus protestants.

Les guerres de religion font rage et Pignan n'est pas à l'abri des attaques des troupes catholiques et protestantes. Les dévastations sont nombreuses : les églises démolies, les cultures abîmées, les habitants brimés. Après l'Edit de Nantes, en 1598, les protestants se donnent leur premier temple.
La révolte de 1621-22 est une période d'exactions au village. L'église sera à nouveau démolie, le château de St Martin brûlé après pillage. Mais la victoire des troupes royales entraîne bien des désagréments pour les huguenots et particulièrement la perte du droit de consulat, la confiscation de leur temple qui deviendra, pendant près de cinquante ans, église paroissiale, avant d'être Chapelle des Pénitents. La communauté toute entière subit le châtiment, puisque les remparts du village seront démolis sur l'ordre de LOUIS XIII, en 1625. Il faudra attendre 27 ans (1652) pour que le roi permette la construction de murailles simples.
L'église de Pignan est construite en 1670.